ستاد حقوق بشر بر اساس آیین نامه مورخ 27 شهریور 1380 قوه قضائیه، به عنوان بخشی از معاونت امور بین الملل قوه قضائیه تأسیس شد، اما در سال 1384 با مصوبه شوراي عالی امنیت ملی به یک نهاد فرا قوه اي تبدیل و شروع به کار کرد.(نقره کار، نقش دادستانی در صیانت از حقوق عامه) در مقدمه توجیهی آیین نامه آمده: «به موجب اصل 156 قانون اساسی، قوه قضائیه پشتیبان حقوق فردي و اجتماعی و مسئول تحقق بخشیدن به عدالت و همچنین موظف به احیاي حقوق عامه و گسترش عدل و آزادي هاي مشروع است. لذا قانون اساسی در اصول 19 تا 42 به تدوین حقوق ملت پرداخته است. این مقررات که ممکن است حقوق اساسی مردم، حقوق ملت یا حقوق بشر نامیده شود، مشتمل بر اصولی است که از آغاز اسلام و تمدن اسلامی و قرن ها قبل از اعلامیه جهانی حقوق بشر از سرچشمه هاي اصیل منابع اسلامی استخراج و بدان ها تصریح شده است… قوه قضائیه در اجراي وظایف نظارتی خود می بایست سازوکارهاي لازم و متناسب را پیش بینی و به موقع اجرا درآورد. در کشورهاي گوناگون به تأسیس نهادهایی به منظور بررسی مسائل مربوط به حقوق بشر دست یازیده اند. در جمهوري اسلامی ایران، متولی و متصدي چنین نهادي نیز بی تردید قوه قضائیه است که می بایست با ایجاد هماهنگی بین دستگاه هاي ذي ربط و در اجراي وظایفی که قانون اساسی به عهده این قوه نهاده است به «احیای حقوق عامه و گسترش عدل و آزادی های مشروع» اهتمام ورزد و با اتخاذ موضع فعال در قبال نقض حقوق بشر در داخل و خارج از کشور، اشکالات و ادعاهای مربوط به نقض حقوق ملت در داخل را بررسی نماید.» بنابراین همانطورکه در مقدمه توجیهی این ستاد آمده است، هدف از ایجاد چنین نهادي مسائل مربوط به حقوق ملت، حفظ و احیاي حقوق عامه و گسترش عدل و آزادي هاي مشروع است.
وظایف و اختیارات ستاد حقوق بشر در ماده 5 آیین نامه بدین گونه آمده است: 1- تبیین و معرفی حقوق بشر اسلامی؛ 2- بررسی مشکلات حقوقی، قضائی مرتبط با حقوق بشر اسلامی و ارائه راه حل هاي اجرایی و متناسب با قوانین جمهوري اسلامی ایران با تشکیل کمیت هاي از صاحب نظران قوه قضائیه و دانشگاه؛ 3- بررسی قطعنامه هاي صادره از کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل و گزارش گزارشگران ویژه و ارائه گزارش و پیشنهاد به ریاست محترم قوه قضائیه و بررسی ادعاها و شکایاتی که از سوي اشخاص حقیقی وحقوقی در خصوص نقض حقوق بشر در جمهوري اسلامی ایران مطرح می شود؛ 4- شناسایی و تشخیص موارد نقض حقوق بشر در سایر کشورها به ویژه رژیم هاي استکباري و اعلام موضع مناسب در مقابل آن؛ 5- اتخاذ سیاست واحد و ایجاد هماهنگی در پاسخگویی و دفاع از اتهاماتی که علیه جمهوري اسلامی ایران مطرح می شود؛ 6- شناسایی و معرفی افراد مناسب
به رئیس قوه قضائیه جهت حضور در مجامع و اجلاس هاي بین المللی مربوطه؛ 7- بررسی ادعاها و شکایاتی که از نظر قوانین جمهوري اسلامی ایران وارد تشخیص داده میشود و ارائه گزارش به رئیس قوه قضائیه جهت اتخاذ تصمیم لازم؛ 8- تهیه پاسخ مناسب به ادعاها و ایراداتی که به انگیزه هاي گوناگون سیاسی و غیرسیاسی و یا به دلیل عدم آشنایی با قوانین و مقررات جمهوري اسلامی ایران مطرح میشود؛ 9- ارائه گزارش به ریاست محترم قوه قضائیه در خصوص کاستی ها، نیازمندي ها و مشکلات مبتلابه در عرصه داخلی و بین المللی و ارائه پیشنهاد و راهکارهاي اجرائی براي بهبود و توسعه در سازوکارهاي مرتبط با حقوق بشر؛ 10- تلاش در جهت همکاري و هماهنگی با سایر نهادهاي حقوق بشري داخلی به منظور اتخاذ رویه هاي واحد؛ 11- اقدام لازم نسبت به سایر موارد مرتبط با حقوق بشر حسب ارجاع رئیس قوه قضائیه.
بر اساس مصوبه شوراي عالی امنیت ملی، ریاست ستاد حقوق بشر با رئیس قوه قضائیه است. این ستاد داراي دبیر می باشد که توسط رئیس ستاد منصوب می شود. اعضاي ستاد عبارتنداز: دبیر ستاد، دادستان کل کشور، رئیس دیوان عالی کشور، رئیس سازمان بازرسی کل کشور، رئیس سازمان زندان ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، وزیر امور خارجه، وزیر دادگستري، وزیر اطلاعات، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی، وزیر کشور، مسئول کمیته حقوقی دبیرخانه شوراي عالی امنیت ملی، معاونت امنیت بین الملل دبیرخانه شوراي عالی امنیت ملی، فرمانده نیروي انتظامی، دو نفر از حقوق دانان یا قضات باسابقه.